Le site sacré panhellénique était une structure complexe, extérieure aux sphères politiques des cités-États. Sur le plan religieux, il offrait à tous les Grecs la seule voie vers la connaissance de soi ; l’entrée du temple d’Apollon portait, dit-on, l’inscription « Connais-toi toi-même ».
Du milieu du VIIIe siècle au milieu du VIIe siècle avant J.-C., le culte d’Apollon acquit un grand prestige en tant que dieu protecteur des entreprises coloniales alors en plein essor.
En 373 avant J.-C., un tremblement de terre endommagea gravement l’architecture du site sacré, jouant un rôle décisif dans son destin. Durant la seconde moitié du IVe siècle avant J.-C., alors que sa restauration ardue était en cours, la Grèce connut des troubles politiques, entraînant le déclin progressif du site. Aucun nouveau bâtiment n’y fut construit depuis la domination romaine au Ier siècle après J.-C.
En 392 après J.-C., l’empereur romain Théodose Ier publia un édit interdisant les croyances païennes. Cet oracle marqua la fin du culte d’Apollon. Les ruines du site sacré furent occupées par un village au début de notre ère et redécouvertes au XVe siècle.
Le fonctionnement de l'oracle connut de nombreuses évolutions au cours de l'histoire. Selon Plutarque, l'un des témoins les plus reconnus et ancien prêtre du temple, à son époque (Ier siècle ap. J.-C.), une seule prophétesse y officiait et recevait les prières une fois par mois. Auparavant, lors de périodes plus prospères, trois prêtresses se relayaient pour gérer l'afflux important de demandes. Dans un autre temple d'Apollon, l'oracle était transmis uniquement par la pensée, directement à l'esprit du prophète, lui laissant une plus grande liberté d'interprétation.
À l'époque chrétienne, Jean le Gnostique croyait que la Pythie était une femme possédée par un démon qui s'était infiltré dans le corps du prophète depuis les profondeurs de la terre, sous le trépied. Chaque année, après la disparition d'Apollon, les oracles cessaient naturellement d'être consultés, et de nombreux croyants attendaient avec impatience leur réouverture annuelle. Par conséquent, les prêtres du temple avaient l'autorité d'établir un ordre de passage pour les participants à la cérémonie (Προμαντεία / promanteia). Les participants offraient d'abord des présents appropriés à la déesse, puis les prêtres versaient de l'eau froide sur un bouc ; si celui-ci ne tremblait pas, cela était considéré comme un mauvais présage et la cérémonie était interrompue. Si le fidèle était admis, le bouc était offert en sacrifice et il pouvait entrer dans le temple pour poser ses questions à la prophétesse ; bien entendu, la réponse à ces questions dépendait de la volonté de la déesse.