Le temple Houtu est chargé d'histoire :
Sa construction débuta en 121 av. J.-C. (la deuxième année du règne de l'empereur Wu de la dynastie Han, sous l'ère Yuanshou). Plus tard, lors de la cérémonie de Fengshan au mont Dongyue (mont Tai), le temple fut agrandi en 113 av. J.-C. (la quatrième année du règne de l'empereur Yuanding) et désigné temple national.
L'empereur Wu de la dynastie Han effectua de nombreux pèlerinages au temple et y laissa le célèbre poème « Ode au vent d'automne ».
Les empereurs Xuan, Yuan, Cheng et Ai de la dynastie Han, ainsi que l'empereur Guangwu de la dynastie Han orientale, visitèrent le temple à onze reprises pour y offrir des sacrifices.
Sous l'ère Kaiyuan de la dynastie Tang (713-741 apr. J.-C.), l'empereur Xuanzong, Li Longji, visita le temple à trois reprises et l'agrandit.
En 1011 (quatrième année du règne de Dazhong Xiangfu, dynastie Song du Nord), l'empereur Zhenzong Zhao Heng fit restaurer le temple Houtu et composa et inscrivit personnellement l'« Inscription pour l'offrande de sacrifices aux deux saints de Fenyin ». Sous le règne de Longqing (1567-1572), dynastie Ming, le cours principal du fleuve Jaune se déplaça vers l'est, érodant la rivière Fen et menaçant le temple Houtu d'inondations.
Sous le règne de Wanli (1573-1620), dynastie Ming, le temple Houtu subit des inondations répétées du fleuve Jaune et, après deux déplacements, fut de nouveau submergé.
En 1655, douzième année du règne de Shunzhi (dynastie Qing), le fleuve Jaune sortit de son lit, détruisant la plupart des bâtiments du temple Houtu et ne laissant subsister que la tour Qiufeng et le hall d'entrée.
En 1662, première année du règne de Kangxi (dynastie Qing), le fleuve Jaune sortit à nouveau de son lit, submergeant même la tour Qiufeng.
En 1663, deuxième année du règne de Kangxi, le temple Houtu fut déplacé et reconstruit au nord de l'actuel village de Miaoqian.
En 1867, sixième année du règne de Tongzhi (dynastie Qing), le temple Houtu fut une fois de plus détruit par le fleuve Jaune.
En 1870, neuvième année du règne de Tongzhi (dynastie Qing), le temple Houtu fut déplacé sur une haute falaise au nord du village de Miaoqian et s'y trouve depuis lors, témoignant d'une histoire de plus de 150 ans.